理學院於民國八十三年自原文理學院改制成立，設有應用數學系、心理學系、資訊科學系、神經科學研究所及應用物理研究所等五個系所，和校級「心智、大腦與學習研究中心」、「財務工程碩士學程」(八十八年應數系與金融系共同設立)、「數位內容碩士學位學程」(九十八年與傳播學院共同設立)、「專利學分學程」(九十九年與法學院共同設立)、「輔導與諮商碩士學位學程」(一百年與教育學院共同設立)、「數位內容與科技學士學位學程」(一百年再與傳播學院共同設立)、「數理財務學分學程」(一百年與商學院共同設立)，「語言、認知與大腦學分學程」(一○一年與外語學院設立)、「社群網路與人智計算國際研究生博士學位學程」(一○三年資訊科學系與中央研究院及國立清華大學共同成立)、「巨量資料分析學程」(一○三年資科系、應數系、統計系和資管系共同設立)、「電子物理學分學程」(一○三年應數系與應物所共同設立)、「大腦科學學分學程」(一○八年心理系、資科系與神科所共同設立)。110學年度起因應資訊學院成立，本院資科系、數位內容碩士學位學程及社群網路與人智計算國際研究生博士學位學程等，改隸資訊學院。

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