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| Year | Class | Title |
| 113 | 碩士班 | 糖質體學資料探勘與自動化分析 |
| 113 | 碩士班 | 總體基因組 Hi-C 接觸圖網絡分析及其重組總體基因組品質預測 |
| 113 | 碩士班 | MCIENet:基於 CNN 的 DNA 序列多尺度資訊提取模型用於三維染色質交互作用預測 |
| 113 | 碩士班 | BigBigTree2 ：基於Nextflow中DSL2語法改進BigBigTree的大規模基因樹建構方法 |
| 113 | 碩士班 | 解碼 PC1 的力量：一種快速準確並基於共變異的 Hi-C 資料 A/B 染色體區室辨別方法 |
| 113 | 碩士班 | GBactPro: 基於機器學習方法對細菌啟動子進行跨物種預測 |
| 112 | 碩士班 | 探討HiC分析中定序比對在後續生物應用的影響 |
| 112 | 碩士班 | 基於三級交聯圖與表觀基因特徵分群對基因組切割 |
| 112 | 碩士班 | 基於HiC資料之機器學習模型預測急性骨髓性白血病致病機率 |
| 111 | 碩士班 | 藉由氣象資料應用羅吉斯迴歸及決策樹模型來預測颱風及水災期間成災與否 |
| 111 | 碩士班 | 利用平滑化處理與參照控制HiC資料來優化找尋基因體拷貝數變異 |
| 111 | 碩士班 | 總體基因Hi-C交互作用圖之網路分析與其組裝 |
| 111 | 碩士班 | 單細胞數據重新排序後降維的穩定性 |
| 111 | 碩士班 | 染色體三級結構的單細胞分析分群 |
| 110 | 碩士班 | 以資料分析和機器學習用於HiChIP解析T細胞衰竭機制 |
| 110 | 碩士班 | HiCSeg：針對不同樣本和物種的互動式基因體分割 |
| 110 | 碩士班 | scGHSOM: 單細胞序列與基因編輯資料階層式分群與視覺分析 |
| 109 | 碩士班 | HiCBin：利用Hi-C交互網路對總體基因組裝進行反捲積 |
| 109 | 碩士班 | 透過 Cp190 和 CTCF 的缺失 HiC 實驗了解建築蛋白在果蠅染色體三結構角色 |
| 109 | 碩士班 | BigBigTree：基於 Nextflow 框架利用分群串接法建立巨量同源基因演化樹 |
| 109 | 碩士班 | HiCNextflow:一個靈活且具再現性的Hi-C分析平台 |
| 108 | 碩士班 | 從資料分析角度探討染色體三維結構 |
| 108 | 碩士班 | 深度學習應用在偵測拓樸結構域 |
| 106 | 碩士班 | 深度學習, 卷積神經網路模型, 預測蛋白質序列質譜儀圖譜 |
| 106 | 碩士班 | 基於圖論之高通量染色體結構捕獲連結網路視覺化與分析 |
| 106 | 碩士班 | 液態生物檢體應用在卵巢癌分類與篩檢 |