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題名 熱帶格雷斯曼的計算及其應用
Tropical Grassmannian computing and its application
作者 許瑜芳
貢獻者 蔡炎龍
許瑜芳
關鍵詞 熱帶幾何
熱帶格雷斯曼
演化樹
tropical mathematics
tropical Grassmannian
phylogenetic tree
日期 2011
上傳時間 12-Apr-2012 14:11:56 (UTC+8)
摘要 這一篇論文是說明矩陣中的元素如果滿足熱帶格雷斯曼就可以將它用樹型圖表示。第二章簡述熱帶數學的基本運算和介紹超曲面,作為熱帶格雷斯曼的先備知識。第三章介紹演化樹,在第二節中用兩種方法重建演化樹,第一種方法UPGMA是要在特定的條件下所建造的演化樹才會正確,第二種方法是利用矩陣中兩個物種間的距離假設的樹型配置圖,解聯立方程組得到各段距離,第三節中先介紹代數幾何中的格雷斯曼再聯結到熱帶幾何中的格雷斯曼。第四章是將第二種方法寫成Python程式,輸入矩陣中的元素,如果滿足熱帶格雷斯曼,就可以顯示它可能的樹型圖以及算出距離。
第一章 緒論 ...............................3
     第二章 理論背景 .............................5
     2.1 基本運算 .............................5
     2.2 多項式 .............................7
     2.3 超曲面 ............................9
     第三章 演化樹和熱帶格雷斯曼的關係.............11
     3.1 演化樹空間 .........................11
     3.2 如何建立演化樹 ........................18
     3.3 代數曲體以及格雷斯曼 ..................25
     3.4 熱帶格雷斯曼 ....................33
     第四章 利用Python程式畫出演化樹 ............35
     4.1 Pthon程式樹圖表示法 ...........35
     4.2 當n=4時,演化樹的畫法 ...........37
     4.3 當n=5時,演化樹的畫法 ...........44
     第五章 結論 ...........57
參考文獻 [1]Billera, L. J.; Holmes, S. P. & Vogtmann, K. Geometry of the space of phylogenetic trees Adv. in Appl. Math., 2001, 27, 733-767
[2]Buneman, P. A note on the metric properties of trees J. Combinatorial Theory Ser. B, 1974, 17, 48-50
[3]Kleiman, S. L. & Laksov, D. Schubert calculus Amer. Math. Monthly, 1972, 79, 1061-1082
[4]Maclagan, D. AARMS Tropical Geometry 2008
[5]Schröder, E. Vier combinatorische probleme Zeit. für Math. Phys., 1870, 15, 361-376
[6]Speyer, D. & Sturmfels, B. Tropical mathematics Math. Mag., 2009, 82, 163-173
[7]Speyer, D. & Sturmfels, B. The tropical Grassmannian Adv. Geom., 2004, 4, 389-411
[8]Stanley, R. Enumerative Combinatorics Cambridge University Press, 1999, 14
[9]Adams, W. W. & Loustaunau, P. An introduction to Gröbner bases American Mathematical Society, 1994,3, xiv+289
[10]Fraleigh, J. B. A first course in abstract algebra Addison-Wesley Publishing Co., Reading, Mass.-London-Don Mills, Ont., 1967, xvi+447
[11]Gusfield, D. Algorithms on strings, trees, and sequences Cambridge University Press, 1997, xviii+534
[12]Harris, J. Algebraic geometry Springer-Verlag, 1992, 133, xx+328
[13]Lutz, M. Programming Python Sebastopol, Calif. : O`Reilly, 1996
[14]Steven Bird, Ewan Klein & Loper, E. Natural language processing with Python Sebastopol, Calif. : O`Reilly, 2009
描述 碩士
國立政治大學
應用數學系數學教學碩士在職專班
98972008
100
資料來源 http://thesis.lib.nccu.edu.tw/record/#G0098972008
資料類型 thesis
dc.contributor.advisor 蔡炎龍zh_TW
dc.contributor.author (Authors) 許瑜芳zh_TW
dc.creator (作者) 許瑜芳zh_TW
dc.date (日期) 2011en_US
dc.date.accessioned 12-Apr-2012 14:11:56 (UTC+8)-
dc.date.available 12-Apr-2012 14:11:56 (UTC+8)-
dc.date.issued (上傳時間) 12-Apr-2012 14:11:56 (UTC+8)-
dc.identifier (Other Identifiers) G0098972008en_US
dc.identifier.uri (URI) http://nccur.lib.nccu.edu.tw/handle/140.119/52633-
dc.description (描述) 碩士zh_TW
dc.description (描述) 國立政治大學zh_TW
dc.description (描述) 應用數學系數學教學碩士在職專班zh_TW
dc.description (描述) 98972008zh_TW
dc.description (描述) 100zh_TW
dc.description.abstract (摘要) 這一篇論文是說明矩陣中的元素如果滿足熱帶格雷斯曼就可以將它用樹型圖表示。第二章簡述熱帶數學的基本運算和介紹超曲面,作為熱帶格雷斯曼的先備知識。第三章介紹演化樹,在第二節中用兩種方法重建演化樹,第一種方法UPGMA是要在特定的條件下所建造的演化樹才會正確,第二種方法是利用矩陣中兩個物種間的距離假設的樹型配置圖,解聯立方程組得到各段距離,第三節中先介紹代數幾何中的格雷斯曼再聯結到熱帶幾何中的格雷斯曼。第四章是將第二種方法寫成Python程式,輸入矩陣中的元素,如果滿足熱帶格雷斯曼,就可以顯示它可能的樹型圖以及算出距離。zh_TW
dc.description.abstract (摘要) 第一章 緒論 ...............................3
     第二章 理論背景 .............................5
     2.1 基本運算 .............................5
     2.2 多項式 .............................7
     2.3 超曲面 ............................9
     第三章 演化樹和熱帶格雷斯曼的關係.............11
     3.1 演化樹空間 .........................11
     3.2 如何建立演化樹 ........................18
     3.3 代數曲體以及格雷斯曼 ..................25
     3.4 熱帶格雷斯曼 ....................33
     第四章 利用Python程式畫出演化樹 ............35
     4.1 Pthon程式樹圖表示法 ...........35
     4.2 當n=4時,演化樹的畫法 ...........37
     4.3 當n=5時,演化樹的畫法 ...........44
     第五章 結論 ...........57
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dc.description.tableofcontents 第一章 緒論 ...............................3
     第二章 理論背景 .............................5
     2.1 基本運算 .............................5
     2.2 多項式 .............................7
     2.3 超曲面 ............................9
     第三章 演化樹和熱帶格雷斯曼的關係.............11
     3.1 演化樹空間 .........................11
     3.2 如何建立演化樹 ........................18
     3.3 代數曲體以及格雷斯曼 ..................25
     3.4 熱帶格雷斯曼 ....................33
     第四章 利用Python程式畫出演化樹 ............35
     4.1 Pthon程式樹圖表示法 ...........35
     4.2 當n=4時,演化樹的畫法 ...........37
     4.3 當n=5時,演化樹的畫法 ...........44
     第五章 結論 ...........57
zh_TW
dc.language.iso en_US-
dc.source.uri (資料來源) http://thesis.lib.nccu.edu.tw/record/#G0098972008en_US
dc.subject (關鍵詞) 熱帶幾何zh_TW
dc.subject (關鍵詞) 熱帶格雷斯曼zh_TW
dc.subject (關鍵詞) 演化樹zh_TW
dc.subject (關鍵詞) tropical mathematicsen_US
dc.subject (關鍵詞) tropical Grassmannianen_US
dc.subject (關鍵詞) phylogenetic treeen_US
dc.title (題名) 熱帶格雷斯曼的計算及其應用zh_TW
dc.title (題名) Tropical Grassmannian computing and its applicationen_US
dc.type (資料類型) thesisen
dc.relation.reference (參考文獻) [1]Billera, L. J.; Holmes, S. P. & Vogtmann, K. Geometry of the space of phylogenetic trees Adv. in Appl. Math., 2001, 27, 733-767zh_TW
dc.relation.reference (參考文獻) [2]Buneman, P. A note on the metric properties of trees J. Combinatorial Theory Ser. B, 1974, 17, 48-50zh_TW
dc.relation.reference (參考文獻) [3]Kleiman, S. L. & Laksov, D. Schubert calculus Amer. Math. Monthly, 1972, 79, 1061-1082zh_TW
dc.relation.reference (參考文獻) [4]Maclagan, D. AARMS Tropical Geometry 2008zh_TW
dc.relation.reference (參考文獻) [5]Schröder, E. Vier combinatorische probleme Zeit. für Math. Phys., 1870, 15, 361-376zh_TW
dc.relation.reference (參考文獻) [6]Speyer, D. & Sturmfels, B. Tropical mathematics Math. Mag., 2009, 82, 163-173zh_TW
dc.relation.reference (參考文獻) [7]Speyer, D. & Sturmfels, B. The tropical Grassmannian Adv. Geom., 2004, 4, 389-411zh_TW
dc.relation.reference (參考文獻) [8]Stanley, R. Enumerative Combinatorics Cambridge University Press, 1999, 14zh_TW
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dc.relation.reference (參考文獻) [10]Fraleigh, J. B. A first course in abstract algebra Addison-Wesley Publishing Co., Reading, Mass.-London-Don Mills, Ont., 1967, xvi+447zh_TW
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dc.relation.reference (參考文獻) [12]Harris, J. Algebraic geometry Springer-Verlag, 1992, 133, xx+328zh_TW
dc.relation.reference (參考文獻) [13]Lutz, M. Programming Python Sebastopol, Calif. : O`Reilly, 1996zh_TW
dc.relation.reference (參考文獻) [14]Steven Bird, Ewan Klein & Loper, E. Natural language processing with Python Sebastopol, Calif. : O`Reilly, 2009zh_TW